《最后的99天》取材于真實的歷史事件，講述了解放前夕，在距新政協預定的會期還有99天之際，上海地下黨為了爭取并掩護民主人士北上參加第一屆新政協會議，一對同父異母的兄弟即共產黨人肖昆和國民黨軍官肖鵬之間，展開殊死搏斗的故事。